Il fondo antico della biblioteca proviene dalla collezione di libri dell'antico collegio greco della Comunità detto "Flanghinis", che fu fondato nel XVII secolo. Tale fondo comprende circa duemila titoli di opere a stampa, dal XVI al XIX secolo. Particolarmente significativa è la serie di opere in lingua greca, per lo più a carattere ecclesiastico, pedagogico scolastico o popolare, stampate da tipografi greci a Venezia. Infatti, durante la dominazione turca in Grecia, Venezia divenne il centro più importante della cultura greca della diaspora, ove affluivano numerosi greci, editori, copisti, eruditi, artisti ecc.

Con la fondazione dell'Istituto la nuova sezione della biblioteca si è specializzata nel campo della storia, della filologia e dell'arte bizantine, postbizantine e neoelleniche. Si cerca soprattutto di mettere a disposizione degli studiosi le pubblicazioni, le monografia rare e le riviste in lingua greca che non sono reperibili nelle altre biblioteche pubbliche d'Italia.

La biblioteca è dotata di moderni strumenti di lavoro come gli apparecchi per la lettura di microfilms (microlettore), per la lettura di manoscritti con raggi ultravioletti e per la fotoriproduzione meccanica.