Deve la sua origine al mecenatismo del Cardinale Bessarione, che donò, nel 1468, la sua raccolta: circa 750 codici, cui egli aggiunse poi altri 250 manoscritti e alcune opere a stampa. Venezia accettò solennemente il dono: veniva così realizzato il disegno di una "pubblica Libreria" a Venezia; un disegno che già Francesco Petrarca aveva concepito un secolo prima, nel 1362, senza peraltro poter condurre a termine il suo progetto.

Lo Stato Veneto si impegnò a collocare i volumi in una sede degna dell'importanza del dono; ma solo nel 1537 fu possibile iniziare la costruzione della Libreria (Biblioteca Marciana), ideata da Jacopo Sansovino, che seppe mirabilmente armonizzare il più nobile stile classico della Rinascenza con il pittoresco ambiente veneziano.

Il fondo più prezioso di manoscritti è tuttora quello del Cardinale Bessarione; basti ricordare i due codici dell'Iliade più illustri, l'Homerus Venetus A (sec. X) e l'Homerus Venetus B (sec. XI), l'Anthologia Planudea (1299-1301), che conserva, assieme all'Anthologia Palatina da Heidelberg tutto quel che rimane dell'epigrammistica greca, la Bibbia del secolo X o XI, il Salterio di Basilio II, del secolo X o XI., col ritratto dell'Imperatore trionfante, la Cynegetica attribuita ad Oppiano di Apamea, con vivaci scene di caccia e pesca (sec. XI in.), le fondamentali edizioni manoscritte di Esiodo, Eschilo, Aristofane, Ateneo, Fozio, gli autografi di Gemisto Pletone, gli scritti scientifici di Euclide, Erone, Aristotele.